20 kwietnia 2010 roku w kościele św. Krzyża w Warszawie odbyła się msza św. w intencji tragicznie zmarłego Tomasza Merty, podsekretarza stanu w Ministerstwie Kultury i Dziedzictwa Narodowego oraz Generalnego Konserwatora Zabytków. Tomasz Merta został pośmiertnie odznaczony Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski oraz Medalem Komisji Edukacji Narodowej i Złotym Medalem Gloria Artis – najwyższymi odznaczeniami przyznawanymi przez resorty edukacji i kultury. Na zakończenie uroczystości pogrzebowych o Tomaszu Mercie z uznaniem i szacunkiem dla Jego wiedzy, wrażliwości, patriotyzmu, umiejętności i aktywności zawodowej wypowiadał się minister kultury Bogdan Zdrojewski, który zapewnił: – Będziemy o Tobie pamiętać.

W mszy św. uczestniczyli m.in. minister edukacji Katarzyna Hall, były minister kultury Kazimierz Michał Ujazdowski, dyrektor Instytutu Adama Mickiewicza Paweł Potoroczyn, dyrektor Biblioteki Narodowej Tomasz Makowski, prezes Polskiej Izby Książki Piotr Marciszuk oraz Władysław Bartoszewski, Bronisław Wildstein, Andrzej Pieniak i wielu innych przedstawicieli świata kultury, sztuki, polityki oraz studenci i harcerze. Wieniec od Stowarzyszenia Księgarzy Polskich złożyli Andrzej Skrzypczak i Tadeusz Prześlakiewicz, członkowie Zarządu Głównego.

Liturgii towarzyszyły utwory Beethovena i Bacha, wykonane przez Polską Orkiestrę Sinfonia Iuventus pod batutą Krzysztofa Kusiela-Moroza. Tomasz Merta został pochowany na cmentarzu parafialnym przy ul. Poloneza na warszawskim Ursynowie.